Gmina Zawoja położona jest w dolinie Skawicy (dopływ Skawy), między Pasmem Babiogórskim a Pasmem Jałowieckim (Beskid Żywiecki)). Obie wsie gminy ciągną się wzdłuż głównej drogi łączącej Maków Podhalański z Zubrzycą i Jabłonką przez Przełęcz Lipnicką.
Jest to największa gmina powiatu suskiego, ale ze względu na jej górzyste położenie średnia gęstość zaludnienia jest tutaj najniższa. Większa część ludności koncentruje się w dolinie. Aż 65% powierzchni gminy stanowią lasy.
Teren dzisiejszej gminy należał od XIV wieku do końca XVIII wieku do starostwa lanckorońskiego. To właśnie ono prowadziło akcję osadniczą na tych terenach pod koniec XVI wieku. Z 1593 pochodzą pierwsze wzmianki o wsi Skawica. Charakterystyczną formą osadnictwa były tu tzw. zarębki. Osadnicy lokowani byli na porośniętym lasem terenie około 24 mórg, który musieli wykarczować, tworząc sztuczne leśne polany. Później zarębki te przekształcił się w większe osiedla - przysiółki, nazywane tutaj "rolami".